Actuellement la majorité des déjections animales récupérées (environ 150 millions de tonnes par an) sont stockées dans les bâtiments d’élevage et dans des ouvrages extérieurs ou aux champs pendant une période pouvant atteindre 6 mois. Ces stockages s'accompagnent d'un rejet direct vers l’atmosphère de composés gazeux, notamment du CH4 et du N2O, représentant respectivement 13,7 et 5,2 millions de tonnes de CO2 équivalent (MtCO2e) en 2010, soit 13% et 4,9% des émissions du secteur agricole français.

L’objectif de l’action est de développer le captage du CH4 produit durant cette phase de stockage puis son élimination par combustion. Le CH4 est brulé, et donc transformé en CO2, soit dans des chaudières ou des moteurs de cogénération permettant de produire de l’électricité et/ou de la chaleur, soit tout simplement en torchère. Le pouvoir de réchauffement global (PRG) du CO2 étant 25 fois inférieur à celui du CH4, la combustion du CH4 en CO2 permet de réduire fortement l’impact effet de serre, même en l'absence de valorisation énergétique (cas des torchères). Les émissions de CH4 liées à la gestion des déjections animales étant très majoritairement issues des filières bovines (60%) et porcines (25%), seules ces deux espèces sont prises en compte dans l'action.