Créée en 1935 en Gironde, la Fédération a rapidement élargi son champ d'activité à la demande des caves coopératives de la Dordogne. Elle a pris sa véritable dimension régionale avec l'adhésion des caves coopératives du Lot-et-Garonne en 1976, celle des Pyrénées-Atlantiques en 1980 et celle des Landes en 1990. Depuis 2016, les caves de Poitou-Charentes et du Limousin ont rejoint la Fédération et forment ainsi la Fédération des caves de la Nouvelle Aquitaine.