Chaque commune dispose d'un ou plusieurs représentant-e-s au sein de son conseil municipal et chacune des 31 communes est représentée proportionnellement à son nombre d'habitants. Aucune commune ne peut avoir plus de la moitié des sièges, mais toutes doivent en avoir au moins un. Les élu-e-s réuni-e-s au sein du conseil de métropole administrent la collectivité dans le cadre de ses compétences et votent le budget. Le Conseil peut créer des Commissions chargées d'étudier les affaires qui lui sont soumises.

Pour mettre en oeuvre sa politique communautaire, Montpellier Méditerranée Métropole dispose de moyens humains organisés par secteur d'activité. Cet ensemble de 1 410 agents effectue quotidiennement l'ensemble des missions et services qui relèvent de sa compétence.