L’Unité Mixte de Recherche (UMR) Biogéosciences, sous sa forme actuelle, a été créé en 1999 et est alors constituée de 3 équipes : écologie évolutive, paléontologie et sédimentologie. Depuis 2012, le centre de recherches de climatologie (CRC) constitue la 4ème équipe.

Biogéosciences est sous la tutelle conjointe du Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), de l’Université de Bourgogne (uB) et en partenariat avec l’École Pratique des Hautes Études (EPHE) dont la tutelle est demandée pour le contrat 2017-2021.