La couverture de la cuve de stockage du lisier permet la récupération du méthane produit, et l'installation d'une torchère pour le brûler. La technique ne peut cependant s'appliquer qu'aux effluents liquides stockés. Si les émissions d'azote ammoniacal sont en partie réduites, la combustion permet de réduire très sensiblement les émissions de méthane.

Par ailleurs, le simple fait de construire la couverture du stockage de lisier est une source de réduction des émissions : l'impact est bien meilleur que lors d'un stockage en extérieur, et entraîne en général une baisse du temps de stockage en bâtiment, où les pertes sont également importantes.